学校恐怖症与儿童逃学，虽然都以不愿上学为其突出的表现，但却有本质上的不同，两者区别在于以下几方面：
(1)缺课的特点。
逃学的儿童为了不去上学，往往会制造假象。早上高高兴兴地与家长再见，然后走上去学校的路上。但在路途中，就在外面游荡或与其他儿童一起玩，到了放学的时候，又背着书包回家，家长常常不知其缺课，直到老师或同学来家访时家长才知道。而学校恐怖症患儿则会毫不掩饰地向家长提出，他不想去上学，而愿意一个人呆在家里，常常得到家长的许可。如果家长硬要强迫他去上学，他就会出现头痛、腹痛、恶心、呕吐等症状。
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(2)缺课的性质。
逃学的儿童心理障碍的性质是行为问题，而患学校恐怖症的儿童心理障碍的性质是情绪问题——焦虑反应。
(3)在校的表现。
逃学的儿童往往是上课不听讲、学习不认真、做作业马马虎虎、学习成绩不好、“红灯”较多、不求上进的孩子，往往还有说谎、骂人、打架甚至偷窃等违反校纪校规的行为。而学校恐怖症的患儿往往都是平时学习比较认真、学习成绩较好、遵守校纪校规、比较听老师话的好学生和所谓的“乖孩子”。
(4)家庭的影响。
逃学的儿童往往是生活在家长平时工作较忙、不太有时间关心孩子的家庭中，或者是生活在父母关系不良(如父母对抗、父母分居、父母离异、父母再婚)的家庭中，或者是生活在家长因对孩子期望过高而对孩子实行暴力教育的家庭中。而学校恐怖症的患儿则往往生活在家长对孩子处处包办、事事代替、过于娇惯、过于溺爱、对孩子成绩过于关注、对孩子期望过高的家庭中。